ภาควิชาวิศวกรรมแหล่งน้ำเดิมเป็นสาขาหนึ่งในห้าสาขาวิชาของภาควิชาวิศวกรรมโยธา ซึ่งเปิดสอนหลักสูตรขั้นพื้นฐานในสาขาวิศวกรรมชลศาสตร์อุทกวิทยาและทรัพยากรน้ำ สำหรับนักศึกษาระดับปริญญาตรีในสาขาวิศวกรรมโยธาวิศวกรรมสิ่งแวดล้อมและวิศวกรรมสำรวจ นอกจากนี้สาขาวิศวกรรมแหล่งน้ำ  ในสังกัดวิศวกรรมโยธาเดิมยังมีการเรียนการสอนและวิจัย ในหลักสูตรปริญญามหาบัณฑิตมาตั้งแต่ปี 2514 และในหลักสูตรปริญญาดุษฎีบัณฑิตมาตั้งแต่ปี 2527 จนกระทั่งในปลายปี 2534 ได้รับจัดตั้งให้เป็นภาควิชาวิศวกรรมแหล่งน้ำ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยในด้านการพัฒนาและการจัดการทรัพยากรน้ำซึ่งปัจจุบันได้กลายเป็นปัญหาที่สำคัญที่สุดของประเทศ.

ภาควิชาเปิดสอนหลักสูตรที่นำไปสู่การศึกษาระดับปริญญาโทและปริญญาเอกวิศวกรรมศาสตร์สาขาวิศวกรรมแหล่งน้ำ งานวิจัยมุ่งเน้นไปที่การวิจัยและการพัฒนาวิชาชีพในสาขาต่าง ๆ เช่น อุทกวิทยาและวิศวกรรมอุทกวิทยา วิศวกรรมชลศาสตร์ วิศวกรรมชลประทาน น้ำใต้ดิน วิศวกรรมชายฝั่ง และการวางแผนและการจัดการทรัพยากรน้ำ นักศึกษาที่ต้องการศึกษาต่อด้านวิศวกรรมแหล่งน้ำ ควรสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรีในสาขาวิศวกรรมโยธาหรือวิศวกรรมแหล่งน้ำหรือสาขาอื่นที่เกี่ยวข้องที่มีพื้นฐานด้านวิศวกรรมโยธาเพียงพอ.